2003年，重新发布《集体商标、证明商标注册和管理办法》，地理标志明确纳入商标法律体系保护。办法第七条规定，以地理标志作为集体商标、证明商标注册的，应当在申请书件中说明三方面内容：该地理标志所标示的商品的特定质量、信誉或者其他特征；该商品的特定质量、信誉或者其他特征与该地理标志所标示的地区的自然因素和人文因素的关系；该地理标志所标示的地区的范围。办法第八条规定，作为集体商标、证明商标申请注册的地理标志，可以是该地理标志标示地区的名称，也可以是能够标示某商品来源于该地区的其他可视性标志。

　　办法规定，地理标志(GI)的注册申请人，可以是社团法人，也可以是取得事业法人证书或营业执照的科研和技术推广机构、质量检测机构或者产销服务机构等。要求申请者对地理标志产品的特定品质受特定地域环境或人文因素决定进行说明，并规定“申请以地理标志作为集体商标注册的团体、协会或者其他组织，应当由来自该地理标志标示的地区范围内的成员组成”、“申请证明商标注册的，应当附送主体资格证明文件并应当详细说明其所具有的或者其委托的机构具有的专业技术人员、专业检测设备等情况，以表明其具有监督该证明商标所证明的特定商品品质的能力”（第四、五条），办法同时规定，“前款所称地区无需与该地区的线性行政区划名称、范围完全一致”、“集体商标不得许可非集体成员使用”（第十七条） 、“证明商标的注册人不得在自己提供的商品上使用该证明商标。”（第二十条）

　　2004年，国家工商行政管理局协同农业部共同发布《关于加强农产品地理标志保护与商标注册工作的通知》，指出“地理标志和商标是知识产权法律制度的重要内容。地理标志是标示某商品来源于某地区、并且该商标的特定质量、信誉或者其他特征主要由该地区的自然因素或者人文因素所决定的标志。我国是通过商标法律以注册证明商标或集体商标的方式来保护地理标志的，这也是国际上保护地理标志的一种主要方式。对特色农产品实施地理标志保护，是国际通行的做法”，并提出了两部委的协同关系。

　　2007年1月30日，国家工商总局商标局开始施行专用标志管理，其《地理标志产品专用标志管理办法》规定，专用标志的基本图案由中华人民共和国国家工商行政管理总局商标局中英文字样、中国地理标志字样、GI的变形字体、小麦和天坛图形构成，绿色（C:70 M:0 Y:100 K:15; C:100 M:0 Y:100 K:75）和黄色(C:0 M:20 Y:100 K:0)为专用标志的基本组成色、专用标志与地理标志必须同时使用。