但在收购计划宣布后，国内迅速掀起了一场轩然大波，把这场正常的商业并购推进民族产业之争的舆论漩涡，大多数人都对这场收购持反对意见。受此影响，2009年3月，中国商务部以反垄断之名进行干涉，否决了可口可乐收购汇源果汁一案。
朱新礼为什么要将汇源果汁的灌装业务出售给可口可乐呢，这是很多人至今还心存疑虑的问题。
在一次公开演讲中，朱新礼详细解释了他的考虑，“出售汇源果汁饮料灌装业务的目的是把筹集的179.2亿港元投入到更上游的现代农业，帮助中国更多农村、农民实现规模化，科技化与品牌化经营。同时，还可以借助可口可乐的全球营销网络，把中国的新鲜水果和浓缩果汁输送到全球100多个国家去。”
可是，当时很少有人能理解朱新礼的良苦用心。在可口可乐并购汇源果汁一案被否后，朱新礼没有气馁，也无怨言，而是继续深入落实企业的长远战略规划。
一方面，朱新礼认为随着中国消费者的消费升级，中高浓度果汁市场的成长空间十分广阔，要继续把果汁产业作为汇源集团长期专注的重心，紧随市场需求变化，持续进行产品升级与营销升级。汇源果汁也一直保持着稳健增长。据全球著名的市场调查公司尼尔森提供的数据显示，2017年上半年，汇源在100%果汁及中浓度果蔬汁的市场份额分别达到了45.8%及35.3%，一直占据行业领先地位。
另一方面，虽然出售汇源果汁给可口可乐一案被否，但朱新礼并没有因此放弃大规模布局上游农业的梦想。
朱新礼在1992年创立汇源公司的初衷，就是为了帮助农民解决“卖果难”的问题。20多年来，汇源集团在全国各地创建了数十个水果加工、饮料灌装和配套生产的现代化工厂，打造了一条上下游贯通的果汁产业链，水果资源年消化能力达到50万吨，不仅每年解决几十万户农民的“卖果难”，而且带动工厂所在地区水果种植业和相关产业大发展，真正地让“农民得实惠”。
但朱新礼的理想并非只是如此，他对农民和农村有着更深刻的思考。
朱新礼认为，农村实行家庭联产承包责任制，调动了农民积极性，解决了农民温饱问题。但是，千家万户分散经营，单兵作战，解决不了生产力低、效率低的问题，解决不了科技化问题和环境污染、食品安全问题;一家三五亩、六七亩土地，也解决不了农业规模化经营和农民致富的根本问题。
汇源虽然在中国有几十家工厂，但是这还远远不够。朱新礼有更大的规划，布局果汁产业链的上游和农业领域建设，推动中国传统农业的规模化、工业化、集约化和科技化发展，帮助亿万农民致富奔小康。
