机构改革迫使原来三部委各自为政的地理标志产品保护模式在机构设置方面得到整合与修正。但整合后的“中华人民共和国国家工商行政管理总局商标局中国地理标志GI”（原国家工商总局的）与“中华人民共和国地理标志保护产品”（PGI,原质监总局的）两者之间如何整合，至今尚未拿出整合方案；“中华人民共和国农业部农产品地理标志”(AGI,原农业部)保护模式也依然延续。我国地理标志产品保护的“商标法”与“部门规章”同在的模式依然存在。如何协调三者之间的关系，形成我国新的地理标志产品保护制度与保护模式？各相关机构正在紧锣密鼓的探索之中。

（二）“部门规章-商标法”协同模式重新被提议

　　如前文所述，2004年，国家工商行政管理局协同农业部共同发布相关通知，提出两部委如何协同工作的具体举措，提出“各级农业主管部门负责地理标志保护地域的确认、地理标志农产品标准和技术规范的制定和标准、生产基地和市场流通中的地理标志农产品的检验检测等技术鉴定和质量监督工作；各级工商行政管理机关则坚决查处各种违法行为；对申请注册证明商标或集体商标的农产品地理标志，国家工商总局商标局在审查之前，要征求农业部所属的地理标志技术审查机构的意见，并由农业部出具书面意见。”等保护工作步骤。但在后来的具体工作中，农业部的“部门规章”体系与工商总局的“商标法”体系基本上各自为政，各自发展。目前，AGI与GI、PGI三套不同的保护制度与保护体系如何整合协同，成为难题。

　　充分认识农产品地理标志的知识产权属性及局限性，理解“部门规章”与“商标法”两种不同的保护制度与保护模式的不同，实现“部门规章”与“商标法”的有效协同，将基于“部门规章”的AGI作为地理标志证明商标、地理标志集体商标的前提条件，两者前后衔接，分类工作，协同发展的观点，被重新提议。

（三）“部门规章-商标法”协同基础上的品牌化趋势

　　2004年的通知曾提出“通过注册农产品商标和地理标志，实施品牌化管理战略，有利于培育地方主导产业，形成地域品牌”、“尤其要加大对农产品地理标志注册工作的指导”等内容，之后的十多年时间里，如何通过地理标志保护、商标注册等，建设地理标志品牌、地域品牌、商标品牌，越来越成为有关文件的相关内容，近三年更甚。

　　2017年，中央1号文件以“深入推进农业供给侧结构性改革、培育农业农村发展新动能”为主题，提出“建设一批地理标志农产品和原产地保护基地、推进区域农产品品牌建设，支持地方以优势企业和行业协会为依托打造区域特色品牌，引入现代要素改造提升传统名优品牌”的具体举措；